재단법인 동아세아문화재연구원은 우리의 전통문화유산에 대한 애호와 보존 · 조사와 연구 · 전문인력의 배양 · 문화컨텐츠의 창의적 개발 등에 힘써 우리 전통문화의 가치를 더욱 선양하는데 이바지 함을 목적으로 2003년 11월 22일 설립된 (재)동아문화연구원을 모태로 하고 있습니다.(2006년 5월 23일 (재)동아문화연구원 승계)

본원은 2006년 4월 25일 새 법인의 발기인대회 겸 창립총회를 가진 뒤 문화재청의 재단법인 설립인가를 득하였으며(2006년 5월 23일) 동년 6월 5일에는 재단의 법원 등기를 필하였습니다.

(재)동아세아문화재연구원은 원장을 정점으로 그 아래에 고고역사조사단과 사무국, 동북아고고연구센터로 구성되어 있습니다. 고고역사조사단은 2부 5과로 구성되어 매장문화재를 조사 · 연구하고 있으며, 사무국은 1부 2팀으로 구성되어 목적사업지원 및 관리 · 경리업무를 담당하고 있습니다. 동북아고고연구센터는 우리의 고대문화를 올바로 이해하고 밝혀내기 위하여 중국과 일본의 관련 대학 및 학술단체와 학술교류협정을 체결하여 이들의 고대문화를 병행하여 연구하는 것을 목적으로 하고 있습니다.
현재 (재)동아세아문화재연구원은 이와 같은 조직과 구성으로 우리의 전통문화유산을 발굴조사, 선양하는데 힘쓰고 있으며 또한 점차 망각 · 훼손 · 인멸되어가는 우리의 전통문화유산에 대해서는 보다 적극적인 애호보존운동을 전개해 나가고자 합니다. 이를 위해 조사 · 연구 · 정리가 시급한 멸실위기의 문화유산에 대해서는 치밀한 계획과 준비를 갖추어 엄격한 조사 · 연구 · 정리분석작업을 거친 뒤 학계에 보고하고, 이를 기록으로 남겨서 우리 후손들에게 지적재산으로 삼고자 합니다. 그리고 이러한 조사 · 연구성과를 바탕으로 중국 · 일본 등 동아세아 인접 지역의 문화유산에 대한 조사 연구에까지 그 영역을 확대해 나가고자 합니다. 우리들의 이러한 노력은 동아세아 문화유산의 보존과 연구에 의미있는 보탬이 될 것입니다. 아울러 (재)동아세아문화재연구원은 국가와 민족의 소중한 자산을 지키는 파수꾼으로 한시도 잊지 않고 정진해 나아가고자 합니다.